第三十七话：雷鸣の闇
雷发现美铃协助阿斯兰逃脱后，立即和杜朗达尔取得了联系并与真分别驾驶传奇高达和命运高达进行追击。在雷的诱导下，虽然也曾有过片刻的犹豫，但机体性能占了绝对优势的真最终还是将阿斯兰和美铃乘坐的老虎击坠于海上。幸好一直埋身于亲PLANT的联合军中的莱德尼尔·基萨卡秘密出航并救出了两人。
得知妹妹出事的露娜玛丽亚无法接受发生的事情，在听到真的道歉时不禁靠着真痛哭失声，而真也抱紧了露娜，有着相同痛苦的两人相拥而泣。
ZAFT军即将对地球联合军最高司令部的所在地——天堂基地采取行动，基萨卡趁机将阿斯兰和美铃送往奥布。
此时，大天使号也终于到达了奥布的秘密基地。在不同的地方，基拉和拉克丝不约而同地感觉到了暴风雨即将到来的气息：如果无法阻止杜朗达尔，那么他的下一个目标必定会是奥布。
第三十八话：新しき旗
ZAFT军进攻天堂基地的部队陆续到位，只等战斗号角的吹响；而天堂基地内以加百列为首的LOGOS残余人员也无法忍受杜朗达尔下达的最后通牒的屈辱，决定对ZAFT军迎头痛击。
密涅瓦号上，真对即将驾驶脉动高达出击的露娜玛丽亚立下了守护的誓言，孤独中的两个人的关系开始突飞猛进。另一方面，重伤的阿斯兰和美铃被转移到大天使号上继续进行治疗，阿斯兰终于苏醒过来。
在加百列的授意下，联合军对ZAFT军发动了突袭，而攻击的队伍中竟然还包括了5台毁灭高达。杜朗达尔迅速作出了反击的决定，但是空降部队却被联合军的秘密武器——对空炮尼伯龙根全灭。
为了扳回一边倒的战局，真、雷和露娜玛丽亚也加入了战斗。在三人的奋战下，毁灭高达被陆续击破。见到局势不妙，加百列偷偷地逃离了指挥部，其后不久天堂基地便宣布投降。
第三十九话：天空のキラ
达科斯塔受托前往L4殖民卫星门德尔的废弃研究所中寻找资料，无意中发现了当年还是一介研究员的杜朗达尔所提出的“命运计划”。
天堂基地投降后，LOGOS成员全部被抓了起来，惟有事先悄悄逃走的加百列独自前往了奥布，在那里有和他关系密切的塞兰家族；另一方面，在大天使号上，身体逐渐复苏的阿斯兰和卡嘉莉坦陈了各自的心情，相互间的裂痕也逐渐在弥合。
达科斯塔在返回永恒号的途中不幸被ZAFT军跟踪，为了保护工厂人员，拉克丝毅然决定让永恒号出击争取时间，而巴尔特菲尔德也驾驶MS出击。大天使号方面在得知永恒号的险恶境况之后，受到阿斯兰鼓励的基拉驾驶追加了推进器的强袭·红高达突破大气圈前往宇宙与拉克丝会合。
由于战力的悬殊，基拉加入战斗后依然无法扭转战局，强袭·红高达也受到一定损伤不得不进入永恒号内。在那里，拉克丝将新完成的强袭自由高达交给基拉，依靠着它的强大力量，基拉在极短时间内便将追击的ZAFT军全灭。
第四十话：黄金の意志
直布罗陀基地内，由于先前战斗所取得的成果，真不但被再次授予了星云勋章，还与雷一起成为了FAITH。就在这时，传来了加百列藏身于奥布的消息，杜朗达尔遂名正言顺地开始计划对奥布作战。
而此时真正掌控奥布的塞兰家却对眼前的危机浑然不觉，为了维护自身的利益而由尤纳公开答复宣布加百列并不在奥布境内。感觉受到愚弄的ZAFT军迅速发动了针对加百列和奥布执政府的攻击；奥布军在反应迟缓的尤纳下令后也开始了反击，但仓促出击的护卫舰队并不能组织起有效的抵抗，反而伤亡惨重。
一直密切注视着局势发展的卡嘉莉决定驾驶空中霸王出击，却被基萨卡和艾莉卡拦下。在秘密的格纳库内，基萨卡将乌兹米遗言留给卡嘉莉的金色MS——晓交给了卡嘉莉。
正当奥布军面临全线崩溃之际，驾驶着晓的卡嘉莉带队加入了战场，并果断地夺取了尤纳的军权，重整军势。此时密涅瓦号也抵达了奥布，在雷的暗示下，决心与奥布做一了断的真独自驾驶命运高达出击；而挡在他面前的，正是驾驶晓的卡嘉莉。
