虽然成为世界亚军，但林菱的乒乓生涯仍充满著坷坎。世界赛後不久举行的全运会，身为福建队主将的林菱竟连遭败绩，败在那些毫不知名的新秀手上。 她只获得9运会女单第3名.
2002年，当时世界排名第3的林菱，离开人材济济的中国到了香港打球，可是却没想到一连串的风波，令她处处碰钉，先是2002年釜山亚运会因代表资格问题，被迫从釜山遣返；翌年的世界乒乓赛，林菱再次面对同样的际遇，抱憾错失与赛机会，令她内心深受重创。她仍然坚持训练，但在竞技台前争胜的雄心渐减，成绩不如帖雅娜。 
雅典奥运会林菱未能以最佳状态参赛，自然难有好成绩。赛後，她的信心更加动摇。已注册成了上海交通大学学生的她，甚至产生放弃打球、专心读书的念头。

颠峰时期没有受到重用,技术和身体状况走下坡路时出了国门.有了机会又力不从心了.大家不要忘记在４６届世乒赛上林菱是如何为王楠扫清障碍的而后又如何将冠军拱手送给王楠.(菱在新闻发布会上哭得如梨花暴雨,张怡宁在寝室也哭过,因为她把决赛权让给了王楠)当时我就认为林菱才是真正的世界冠军!!!!现在还有谁记得这位第４６届世乒赛上的排雷英雄？？？可惜国家队日益官僚化，做不到真正用人唯才。

２００１年世界杯为什么让张一宁顶替了林菱，林菱真的有病？群众的眼睛是雪亮 的！ 
为什么让了十几年的球，现在还要让？ 
一个女子世界亚军，她在《乒乓世界》上的待遇只是短短一篇文章，起码也应该有幅中叶照片吧？我不明白，一个打法类似欧洲选手的运动员，她的结果就只能是陪练！以后谁还敢向欧洲学习！ 你能给个解释吗??