日本动画的初期发展可追溯至二十年代，当时由日本电影工作者把西方最新发展的动画制作技术带到日本，并开始试制动画。虽然日本电影工作者已於较早的时期开始制作动画，不过日本第一套大受欢迎的动画却在1963年才出现，漫画大师手冢治虫创作的漫画作品铁臂阿童木被改编成动画版本，於元旦当日在富士电视台播放。在七十年代，日本动画进一步发展，放弃原本跟随的西方技术路线，并自行创作日本独有的科幻动画。当时著名的作品包括鲁邦三世和铁甲万能侠。同时，部份电影工作者，例如宫崎骏和押井守亦开始在动画制作冒出头来。

八十年代, 日本动画开国内开始成为主流电视节目之一，并经历日本动画史上第一个黄金时期。当时高达皇朝和高桥留美子的职业生涯却刚刚开始。而大友克洋的作品阿基拉更於1988年冠以最昂贵动画作品的称号。

从九十年代开始，日本动画於国际动画市场上愈来愈受欢迎。动画电影阿基拉和机壳攻战队在1995年开始成为国际有名的动画电影。日本电视动画例如新世纪福音战士和星际牛仔等亦吸引世界各国，尤其是西方的动画迷的注视。2002年宫崎骏凭千与千寻於德国柏林影展中得到一等奖和在第七十六届奥斯卡电影颁奖典礼中得到「最佳动画长片」一奖项。而机壳攻战队: Innocence亦在2004年康城电影展上映。

日本动画的初期发展
在日本现时已知的动画作品当中，最早的作品应要追溯至1906年，一套名为《一百块开心的脸》（愉快な百面相）的动画。从二十年代开始，日本电影工作者开始以西方新研发的动画制作技术试制动画作品。日本第一套动画电影短片是由下川凹天创作的《清洁工人芋川椋三》，1917年1月开始播放。当时下川只是一个西方风格的水彩画家。

1918年，日本开始制作第一套以日本原著《桃太郎》改编的同名短篇动画电影。从此於二十、三十、四十年代，日本不断制作多套短篇动画电影，包括日本第一套有声动画《世界中心的男与女》（力と女の世の中）。动画电影在第二次世界大战期间仍保持一定创作，而《桃太郎的海鷲》就是在当时所创造的第一套日本长篇动画影片。战後，由於设备及资金不足，动画创作并没有持续发展。直至东映动画的前身，日本动画有限公司的成立，日本动画才开始发展成现今的状况。

日本动画有限公司及虫制版动画
1956年，东映动画开始以东映动画有限公司的商号制作彩色动画电影。而1958年上映的《白蛇传》就是当时第一部东映动画推出市场的日本动画作品。《白蛇传》的风格类似迪士尼动画的作品，包括使用音乐数字和动物协助。东映动画的作品在六十年代和七十年代之间仍然保存著这种富有迪士尼的风格。同时，东映动画的风格亦在每个角色之中加强作者自己的构思。其中一个例子就是高畑勲的《大阳王之子》。这套动画同时被视为突破原本动画风格的第一大突破，同时亦为後来日本动画「原创化」及「渐进式动画」运动中打下基础。宫崎骏和押井守亦有参与後来的日本动画「原创化」及「渐进式动画」运动。

资源限制是东映风格的动画对现代动画的其中一项影响元素。这种资源控制的办法令到动画工作者把精神灌注在主要的剧情，而其他的画面只是粗略带过。东映动画师大冢康生是第一位尝试用此方法制作动画的工作者，并且在未来推出的电视动画加以发展。

手冢治虫於六十年代初期成立了虫制动画公司。1963年，该公司的第一套动画 - 铁臂阿童木在日本富士电视台播映，随即成为日本第一套最受欢迎的动画。虽然铁臂阿童木为日本第一套最受欢迎的电视动画，但文献记载当时的电视台播放的第一套动画为1962年的漫画年表。不过，世界各国，连日本在内都公认铁臂阿童木为日本第一套电视动画，因为铁臂阿童木是第一套动画以主角阿童木为中心故事的动画。铁臂阿童木成功吸引世界各国的注意，连美国的电视台在1964年把铁臂阿童木引进美国，并改编成美国版的铁臂阿童木。铁臂阿童木的成功，令到日本的动画得以发展，并在六十年代制作很多作品，如横山光辉的铁人28、手冢治虫的小白狮(Kimba the White Lion)和吉田龙夫的飞车小英雄(Mach Go Go Go )。