在铁血战士2中，发现异形小镇被核弹摧毁，独狼和异形王同归于尽，事情表面上已经平静了下来，但并非如此，在小镇上存在一个极其秘密地下试验室，主人是一个财团老大，该实验室进行着毒品试验，整个实验室固若金汤可以防止小型核弹攻击和辐射，一只异形在核弹攻击前攻击了这里而幸存了下来，以毒品为食使得身体发生惊人变异，成为新异形王，而搜寻过来美国特种防辐射部队则成了第一批牺牲品。 人类在南极进行爆炸试验摧毁了一个南极地下湖冰层，在第一部中沉睡在湖底异形皇后苏醒了过来，整个导弹发射基地被皇后摧毁，除了一位拼死逃出下等兵外，其余人员全部死亡，异形甚至控制了一艘巨轮，由于巨轮设置了自动导航系统而使得异形们离开了南极，而目地竟然就是那个小镇，异形皇后和新异形王会合向四周不断扩张，美军抵抗毫无作用。 就在地球万分危急之时，独狼失踪也引起了铁血星球高度关注，独狼是族中精英老战士，每一次都是成功执行完任务后返回铁血星球，但这一次迟迟也等不到独狼回归，独狼兄长，也就是铁血长老命令自己最得意五个弟子前往独狼失踪前最后出现地方，也就是那个小镇搜索独狼消息，五位高级别年轻铁血精英于是来到地球，发现了小镇上已经是遍布异形，五人边打边撤，在后退途中遇到了南极撤退那个下等兵同时，发现一件奇怪事情，一个人类女战士在和异形战斗中竟然使用了铁血武器，只有长老才能拥有铁血圣矛，此人就是第一部中幸存女主角。 于是，铁血和人类再次联合，想方设法消灭已经存在异形军团........

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