红方现在貌似还处在一个黑方主动出击，红方被动阻止的阶段，红方主动出击剿灭黑方可能还需要更多的时间发展…但正如楼主说的，红茶会议的确没有提到有关于组织这两个核心目的的迹象，因为就最近的剧情来看：工藤夫妇来日本的主要目的是摆平清水寺那件事，也就是掩盖掉新一还活着的这件事，但大众社会瞒过去了，组织那边未必瞒过去了，所以红茶会议的主要内容可能还是和如何让新一脱离组织的视线…

现在可以稍微总结一下，红方除了知道黑衣组织成员有能力暗杀政府官员，是个恐怖组织性质的黑社会。药物方面，柯南灰原博士和父母这部分半民间组织是知道的，FBI中可能赤井秀一原先有点了解，这次茶话会后他会更了解；安室透这次之后会明白有这种药物，或许有可能会联想到灰原是宫野志保；CIA中的水无怜奈，虽然她不一定明白，但仍然有本堂瑛祐这个不确定因素。软件部分，大头都在漫画前期说完了，也主要是柯南的民间组织在调查，似乎也没有继续进行下去，极大概率推断所有卧底都不知道这件事。