故事中，凶兽肆虐人间，百姓苦不堪言，各大修仙门派也只能依仗阵法勉强抵御凶兽侵袭。
某日，明庶门弟子月清疏在回山途中发现村民被妖物围攻，为掩护村民逃脱，冒险将凶兽引向山谷深处，中途意外被击落。一名叫修吾的神秘男子突然现身……
《仙剑七》女主角月清疏是一位刻苦认真、细心稳重的姑娘，自幼由明庶门掌门（爷爷）抚养长大。明庶门曾以祖师自创的御灵术名噪一时，后来门派没落，只剩她爷孙二人。但是月清疏仍坚守门派信念，常独自一人下山除妖，保一方安宁。
男主角修吾是一名实力强大，忠于自己的本心的神秘剑客，虽然寡言，却是团队中最有力的后盾。