水果店甜瓜保存时间长的方法有：先用清水洗净表面，再用干净的毛巾擦干水分，最好将甜瓜放在通风、干燥、阴凉的地方，避免阳光直射。如果要长时间保存，可以将甜瓜放在室温下，不要放在冰箱中，以免影响口感。另外，要避免甜瓜受到碰撞或挤压，以免破损导致变质。