自然资源部发布的指南主要有《国家环境保护投资政策指南》、《节能减排补贴政策指南》、《水资源开发补贴政策指南》以及《政府投资环境保护政策指南》。这些指南旨在改善环境，促进经济可持续发展，更充分发挥政府在环境保护上的作用。《国家环境保护投资政策指南》阐述了政府如何采取投资政策来促进环境保护；《节能减排补贴政策指南》详细解释了对节能减排企业提供的政府补贴政策；《水资源开发补贴政策指南》提供了关于水资源开发补贴的政策内容；《政府投资环境保护政策指南》指出了政府应采取的环境保护投资政策及政府投资环境保护的原则。这些指南的出台将有效推动环境保护，为节能减排、合理利用水资源、可持续发展提供有效支持。