随着古DNA技术的飞速发展，使得越来越多的古人类基因组被揭秘。中国西南的川滇地区自古以来就是人群交流的热点地区。早在新石器时期，川滇地区就出现了稻粟混合农业，该地区对于理解欧亚大陆东部水稻和粟混合耕作的传播以及南北文化互动至关重要。同时，新石器时期在川滇地区的过渡模式可能会因为同时种植粟和水稻而变得复杂。如今国内的古DNA研究主要多集中于北方，少有西南地区的研究案例。该研究应用最新的DNA捕获测序技术以突破西南地区古DNA保存较差的技术瓶颈，成功地对新石器时期四川宝墩文化高山古城与青铜时代云南剑川海门口遗址人骨样本进行了古DNA提取、测序和群体遗传分析。
样本信息
研究团队对89例西南古人样本（含55例新石器时期高山古城遗址样本及34例青铜时期海门口遗址样本）进行古DNA提取、杂交捕获及全基因组测序。经过一系列严格质控，最终得到11例古基因组数据（含5例高山古城及6例海门口个体数据）。
中国西南地区高山城和海门口遗址两个农业人群的11个个体明显聚类，并被投射在古代黄河流域和古代藏族人群之间，说明高山城和海门口人群与黄河流域古代以粟黍为主要生业模式的农业人群和青藏高原古人遗传成分最为相似。
qpAdm建模结果表明，中国西南农业人群主要由黄河流域古代粟黍农业人群（约90%）与和平文化采集狩猎人群（约10%）混合形成（图2A），并没有发现与华南地区古代稻作农业人群相关的基因流。因此，中国西南地区新石器及青铜时代稻粟混合农业人群应主要由黄河流域粟黍人群南下驱动形成的历史进程，稻粟混合农业很可能是粟黍人群南迁过程中融汇了华南地区水稻种植技术的环境适应性结果，稻作人群对当时西南地区人群的基因影响并不明显。
同时该研究还分析了来自四川和云南的具有代表性的现代土著民族，以调查是否存在与稻农相关的谱系的遗传亲和力。在qpWave分析中，云南的白族、普米族均从高山城和海门口人群获得了基因流入，一定程度上支持了汉藏语系的北方起源说。哈尼族和拉祜族需要来自稻农相关谱系的额外基因流。此外，部分藏缅语人群还受到了华南及东南亚地区壮侗语族人群的影响，总体呈现出南北混合的遗传特征。
总结：
该研究通过对高山古城和海门口遗址古人群DNA的研究，发表了中国西南部新石器时期晚期至青铜时期的第一批古人类基因组，阐明了粟作农业从黄河流域向西南地区的传播过程。同时，研究表明粟农和稻农在基因上都对今天的藏缅人有贡献的。