一、水肥一体化设备成本较高，技术研发滞后与低灌溉水相比，水肥一体化技术所需建设的灌溉设备成本较高，对于小型果园和零售家庭压力较高。另外，灌溉设备管道过细，容易被矿物质、有机物堵塞，对肥料的水溶性要求较高。目前我国水肥一体化刚刚起步，高水溶性肥料的研究还处于初级阶段，品种少，价格高，水肥生产技术落后、原材料供应没有保证、配套设施不同步，使用期短、水溶肥产品质量良莠不齐，技术服务力量比较薄弱，高投资限制了水肥一体化技术的进一步推广。二、水肥一体化专业技术人才缺乏，知名度不高水肥一体化技术所涉及的信息技术、植物营养、农田水利等方面的知识，涉及面较广，且农民在施肥灌溉时也缺乏相关的知识，对新事物的接受能力较弱，再加没有专业的农化人员进行跟踪服务，水肥一体化出现的各种问题不能及时解决，于是推广普及中就增加了许多困难，限制了水肥一体化技术的发展。三、土地流转加快，流转时间短中国正在加大力度让土地流转加快，为了适应现代化农业发展这是有必要的，但是中国具有其特殊性，土地租金变化使得种植户只能租到短期的土地，如果采用水肥一体化的技术，就大大增加了成本，短期内使用效果不佳。四、节水灌溉系统与用肥不匹配，设施对肥料要求较高水肥一体化是节水灌溉系统和施肥系统有机结合的整体，目前节水灌溉系统企业和水溶性肥厂家，没有形成良好配合的体系，且国内的水溶性化肥品质单一，由于有的添加剂过多，溶解后悬浮物多，极易造成滴头堵塞，选用进口水溶性肥价格又居高不下，在推广时对肥的考虑不足，对适用系统的肥缺乏明确的要求，也缺乏普通肥适用的灌溉系统的研发推广。