首先不在上帝视角，李逍遥他们并不知道。
其次蛇狐和蟾母客观上都害人了，虽然罪不至死，但也谈不上无辜。

你这就纯属片面理解了。
首先金蟾鬼母拆了官道栈桥，在唯一能通行的洞中设卡谋财害命，用人命来养蟾。
其二，第一次被驱赶的时候李逍遥一行人是听话离开了，后来觉得不对劲又返还，正好撞见了她在养金蟾，游戏中没表现出来，但是各侧面描写都反映出应该是用人体喂养。然后金蟾鬼母恼羞成怒要留下众人，所以才有了正当防卫出手制裁。
另外，三观有点歪斜了，得时刻注意纠偏啊。

掳走这么多人都不算大坏事？你是人贩子吗？

绑架本来就是重罪啊，解救过程中还反抗的打死是活该的，无论蛇妖夫妇还是鬼母都是如此，你该不会看到绑架犯呗警方狙击手击毙，也要喷警方“对方又没杀人，凭什么杀他”吧？

谁也不愿意擅闯她家，她把路全封了

蛇妖一家s了林家堡派出的江湖人士

断路占道在先，出手杀人在后。李逍遥和林月如本来只是想问个路而已，这TM也叫残忍？……敢情心甘情愿把自己喂蛤蟆才叫正确是吧？

非我族类，杀就杀了

其实这事儿反复思考后就能想通了，蛇妖和金蟾鬼母这种给他们一个死刑是因为他们犯了符合死刑的罪孽，其他更恶的也只是死刑是因为惩罚手段上限只有死刑
楼主你的逻辑谬误在于把最穷凶极恶的那层恶人直接当成死刑标准，那么再往下自然就显得相对没那么恶了，但按这个逻辑走下去只要最恶的人做的恶越无下限那其他的恶人的惩罚就会相应的越轻，即使他们做的事本身没变，显然这并不合理

武林人士表示沒錯了蛇妖男和狐妖女是在幫我們得道跳出輪迴是吧

仙二时期逍遥对杀蛇妖狐妖有愧疚说到底是因为他是修道的，境界比较高。实际上考虑到人族妖族本就不算友好关系，对于一般人族而言驱逐妖族是理所当然的。
如果把妖当人看，仙一应该参考的是北宋时期，那么蛇妖他们就是在风气比较保守的时代坏了姑娘们名节，可能会影响姑娘未来嫁人。同时按照宋律，拐卖人口用作奴仆至少也是流放三千里，执刑前造成杀伤可当场击毙，逍遥他们做的也并不算太过分

这些杀孽确实也报应到李逍遥身上了。感觉隐龙窟应该放走少女们后警告他们不许再犯否则必诛之，李逍遥是有种找不到灵儿把怒气发泄在狐妖身上了。杀完狐妖月如都说：李大哥，你刚才好吓人

我感觉要从剧情的设置入手：
此段是为李逍遥心境成长做的铺垫，在遇到金蟾鬼母之前，李逍遥遇到的妖都是“恶”的，如隐龙窟蛇妖绑架少女，如鬼将军赤鬼王残害生灵，所以他立志成为大侠，斩妖除魔！而在金蝉鬼母这一段，故事抛出了金蟾鬼母因为被心爱之人抛弃，所以才与“儿子”蛤蟆精相依为命的故事，这给玩家及李逍遥带来个疑问：妖怪都是坏的吗？都该杀吗？
然后情节继续推进，先是李林二人在京城郊外看到了白娘子许仙人妖恋的故事，继而又是彩衣舍身救治刘晋元。同时，他们在金蟾鬼母前后，遇到的人几乎是“恶人”：如女飞贼窃取财物、如古董商不分是非冤枉李林二人、如扬州昏官屈打成招、如京城小乞丐讹骗钱财。这同样给玩家及李逍遥带来疑问：人都是好的吗？都该救吗？
在蝶恋之后，由酒剑仙之口说出了：世有无情人，却有深情妖！这就使李逍遥进锁妖塔救灵儿变得合情合理。
所以，金蟾鬼母被杀，是为了情节，也是为了李逍遥的心境成长和成熟做的“牺牲”，我们一样，之所以同情金蟾鬼母，就说明接受和喜欢“不分人魔，只辩善恶”，这是仙剑故事传递给我们的良好价值观